Der Aufsichtsrat der Metropolregion GmbH besteht aus 18 Mitgliedern. Die vier namensgebenden Städte entsenden jeweils eine Person, das Land Niedersachsen ist ebenfalls mit einer Person vertreten. Jeweils vier Vertreter der Vereine „Kommunen in der Metropolregion e.V.“, „Wirtschaft in der Metropolregion e.V.“ und „Hochschulen und wissenschaftliche Einrichtungen e.V.“ sitzen im Aufsichtsrat. Einen Vertreter entsenden die im Raum der Metropolregion agierenden Industrie- und Handelskammern Hannover, Braunschweig und Lüneburg-Wolfsburg. Den Vorsitz haben abwechselnd die Oberbürgermeister der Städte Hannover und Braunschweig inne – seit dem 7. September 2021 hat Belit Onay, Oberbürgermeister der Stadt Hannover, den Vorsitz.