Der Aufsichtsrat, die Gesellschafter und der parlamentarische Beirat bilden nach dem Gesellschaftervertrag die Gremien der Metropolregion GmbH.
Der Aufsichtsrat der Metropolregion GmbH besteht aus 18 Mitgliedern. Die vier namensgebenden Städte entsenden jeweils eine Person, das Land Niedersachsen ist ebenfalls mit einer Person vertreten. Jeweils vier Vertreter der Vereine „Kommunen in der Metropolregion e.V.“, „Wirtschaft in der Metropolregion e.V.“ und „Hochschulen und wissenschaftliche Einrichtungen e.V.“ sitzen im Aufsichtsrat. Einen Vertreter entsenden die im Raum der Metropolregion agierenden Industrie- und Handelskammern Hannover, Braunschweig und Lüneburg-Wolfsburg. Den Vorsitz haben abwechselnd die Oberbürgermeister der Städte Hannover und Braunschweig inne – seit dem 7. September 2021 hat Belit Onay, Oberbürgermeister der Stadt Hannover, den Vorsitz.
In der Gesellschafterversammlung sind folgende Personen vertreten aus (Stand: November 2021)
Verein
Kommunen
Verein
Wirtschaft
Verein
Wissenschaft
Land
Niedersachsen