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Als Gesellschafter der Metropolregion Hannover Braunschweig Göttingen Wolfsburg GmbH haben die vier namensgebenden Städte jeweils rund fünf Prozent der Gesellschafteranteile. Städte, Landkreise und Gemeinden in der Metropolregion haben sich im Verein „Kommunen in der Metropolregion e.V.“ zusammengeschlossen, der 26 Prozent der Anteile besitzt. Jeweils 23 Prozent der Gesellschafteranteile halten der Verein „Wirtschaft in der Metropolregion e.V.“ als Zusammenschluss von Unternehmen und wirtschaftsnahen Verbänden sowie der Verein „Hochschulen und wissenschaftliche Einrichtungen in der Metropolregion e.V.“, der Forschungs- und Wissenschaftseinrichtungen vertritt. Zudem ist das Land Niedersachsen mit sieben Prozent an der GmbH beteiligt.
Der Verein Kommunen besteht derzeit aus 52 Städten, Landkreisen, Gemeinden, der Region Hannover, dem Regionalverband Großraum Braunschweig und weiteren kommunalen Einrichtungen. Der Verein hält 25,6 Prozent der Gesellschafteranteile und entsendet vier Mitglieder in den Aufsichtsrat. Er vertritt die Interessen der Kommunen in der Metropolregion, ist Partner verschiedener regionaler, nationaler und europäischer Projekte und Träger des Amt electric. In den vergangenen Jahren hat der Verein Projektmittel in einer Größenordnung von rund 7,2 Millionen Euro eingeworben. Davon stammen 6,85 Mio. Euro von Fördergebern /Partnern außerhalb des Gesellschafterkreises der Metropolregion. Fördergeber u. a. sind drei Bundesministerien, die EU-Kommission, die Republik Frankreich und Stiftungen.
Der Verein Wirtschaft in der Metropolregion ist ein Zusammenschluss von Unternehmen, wirtschaftsnahen Verbänden und Stiftungen. Das Ziel des Vereins ist die Förderung der wirtschaftlichen Entwicklung in der Metropolregion. Er hält 23,1 Prozent der Gesellschafteranteile der Metropolregion GmbH und entsendet vier Mitglieder in den Aufsichtsrat.
Die Mitgliedschaft im Verein steht allen Unternehmen und wirtschaftsnahen Verbänden offen.
Der Verein Wissenschaft bündelt eine Vielzahl starker Forschungs- und Wissenschaftseinrichtungen in der Metropolregion. 17 Universitäten mit rund 430 wissenschaftsrelevanten Instituten, Fakultäten und Dachbereichen sind hier vertreten. Auch zahlreiche außeruniversitäre Forschungseinrichtungen haben ihren Sitz in der Metropolregion, darunter Institute der Max-Planck-Gesellschaft, der Fraunhofer-Gesellschaft und Einrichtungen der Helmholtz-Gemeinschaft sowie der Leibniz-Gemeinschaft. Der Verein Wissenschaft vertritt die Interessen von staatlichen Hochschulen und Universitäten in der Metropolregion und fungiert als Austauschplattform und Koordinator gemeinsamer Projekte.